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生信篇 | 長讀長病毒測序Polish分析軟件之“HMMPolish”

來源: | 作者:/ | 發(fā)布時間: 2024-03-25 | 745 次瀏覽 | 分享到:

三代測序在病毒基因組測序中已有較出色的表現(xiàn)，但準確率方面還需進一步的提升。盡管現(xiàn)有的Polish工具取得了令人滿意的結果，但仍有改進糾錯性能的空間，以實現(xiàn)更精確的基因組組裝。


本文介紹一款在病毒RNA編碼區(qū)的Polish軟件，可對已知RNA病毒組裝前和組裝后的序列進行Polish。軟件文章HMMPolish：a coding region polishing tool for TGS-sequenced RNA viruses發(fā)表在Briefings in Bioinformatics (IF=9.5)上，可下載閱讀。


軟件安裝

該軟件需要安裝以下依賴軟件：

  • Biopython：conda install conda-forge::biopython

  • HMMER：conda install bioconda::hmmer

  • pandas：conda install conda-forge::pandas

上述軟件安裝完成后，安裝HMMPolish，這里直接下載即可：

git clone--recursive https://github.com/rainyrubyzhou/HMMPolish HMMPolish

cd HMMPolish/src

python HMMPolish.py -h

下載過程中可能遇到“Empty reply from server”等字樣，不用擔心，多試幾次就好了！

python HMMPolish.py –h后出現(xiàn)幫助文檔信息，表明軟件完成安裝，可以正常使用。

軟件使用

01

軟件運行環(huán)境

需要在python3.0以上，經過嘗試在python2.7中無法使用。

02

找到示例數(shù)據(jù)

位于HMMPolish/src/test目錄中。

03

運行命令

python HMMPolish.py--read test/test_noro.fa--seed test/canu_ass.fa –hmm test/7_noro_profile.hmm -o polished.fa

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polished.fa的文件即為編碼區(qū)域polish之后的文件。

04

參數(shù)詳解

--read：輸入的reads文件；

--seed：可以是組裝軟件組裝出來的序列，也可以是原始的序列；

--hmm：.hmm格式的配置文件。


軟件優(yōu)勢

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與多個Polish軟件進行對比時，還是展現(xiàn)出較好的糾錯能力[1]，如果大家感興趣，可以在自己的科學研究中進行嘗試。此外，該軟件也有一定的局限性，目前只能應用在部分已知的病毒中。

參考文獻

[1] Yu R, Abdullah SMU, Sun Y. HMMPolish: a coding region polishing tool for TGS-sequenced RNA viruses. Brief Bioinform. 2023 Sep 20;24(5):bbad264.