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重讀經(jīng)典，MIQE指南解讀系列 -1 MIQE的誕生

來(lái)源: | 作者:/ | 發(fā)布時(shí)間: 2025-07-17 | 107 次瀏覽 | 分享到:

以下內(nèi)容來(lái)源于“伯樂生命科學(xué)”公眾號(hào)：

可重復(fù)性"危機(jī)"：

科研領(lǐng)域上空的揮之不去的 “幽靈”

可重復(fù)性危機(jī)，又稱再現(xiàn)性危機(jī)和可復(fù)制性危機(jī)，是影響科學(xué)研究方法和結(jié)論的危機(jī)。隨著時(shí)間的推移，一些研究學(xué)會(huì)或團(tuán)體已經(jīng)意識(shí)到，許多科學(xué)研究的結(jié)果很難或幾乎不可能被準(zhǔn)確重現(xiàn)。實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的可重復(fù)性對(duì)科學(xué)方法至關(guān)重要，因此，難以重復(fù)研究或理論的結(jié)果會(huì)損害其結(jié)果的可信度。

下面是2016年《Nature》期刊對(duì) 1576 名研究人員進(jìn)行調(diào)查后得出數(shù)據(jù)，讓我們揭開真實(shí)世界陰影下的一角。

數(shù)據(jù)顯示， 52%的受訪者同意可重復(fù)性存在重大 "危機(jī)"，只有3%否認(rèn)，說(shuō)明這個(gè)問題已經(jīng)是科研領(lǐng)域中人人皆知的一個(gè)“頑疾”。

三分之一的受訪者表示，他們的實(shí)驗(yàn)室在過去五年中采取了具體措施來(lái)提高可重復(fù)性。但仍然有34%的實(shí)驗(yàn)室未采取任何措施。

70%以上的研究人員嘗試過重復(fù)其它科學(xué)家的實(shí)驗(yàn)，但都以失敗告終，50%以上的研究人員未能重復(fù)自己的實(shí)驗(yàn)。

不過，有 24% 的人表示他們能夠發(fā)表重復(fù)成功的論文，13% 的人發(fā)表了重復(fù)失敗的論文。期刊接受投稿比拒絕更為常見：只有 12% 的人表示無(wú)法發(fā)表成功重復(fù)出他人的工作；10% 的人表示無(wú)法發(fā)表失敗的重復(fù)嘗試。

那是什么原因?qū)е铝丝芍貜?fù)危機(jī)呢？

超過60%的受訪者表示，發(fā)表論文的壓力和有目的的選擇性報(bào)告結(jié)果是導(dǎo)致可重復(fù)性問題的原因。半數(shù)以上的受訪者認(rèn)為是實(shí)驗(yàn)室重復(fù)不足、監(jiān)督不力或統(tǒng)計(jì)能力不足造成的。還有一小部分人指出了試劑的變異或使用難以重復(fù)的專門技術(shù)等阻礙了結(jié)果的重現(xiàn)性。

科學(xué)界可以做些什么？

受訪者被要求從科學(xué)角度來(lái)提高可重復(fù)性的 11 種不同方法進(jìn)行評(píng)分，所有方法都得到了一致認(rèn)可。近90%的受訪者（超過1000人）選擇了 "更穩(wěn)健的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)"、"更好的統(tǒng)計(jì) "和 "更好的指導(dǎo)和監(jiān)督"。這些選項(xiàng)的排名都高于為提高可重復(fù)性而獲得回報(bào)/獎(jiǎng)勵(lì)（如資金或終身教職）的選項(xiàng)。但即使是排名最低的項(xiàng)目--期刊核對(duì)表--也贏得了高達(dá) 69% 的支持率。

RT-PCR（qPCR）技術(shù)的通用規(guī)則：

MIQE 指南

要使研究有效，研究結(jié)果和數(shù)據(jù)必須具有可重復(fù)性，而目前在多個(gè)科學(xué)領(lǐng)域都存在這種危機(jī)，包括生命科學(xué)領(lǐng)域，實(shí)際上，發(fā)布毫無(wú)意義的 qPCR 結(jié)果非常容易。如果沒有透明的優(yōu)化、驗(yàn)證和質(zhì)量控制程序，讀者就不可能區(qū)分可靠或有偏差的結(jié)果或者技術(shù)方法存在變異。

可重復(fù)危機(jī)沒有簡(jiǎn)單的解決方案，但研究人員、期刊、學(xué)術(shù)編輯、患者和相關(guān)利益團(tuán)體可以發(fā)揮作用，確保科學(xué)研究遵守嚴(yán)格的標(biāo)準(zhǔn)。隨著人們對(duì)可重復(fù)危機(jī)的日益關(guān)注，或許有一種方法可以成倍提高研究的有效性和質(zhì)量。

立秋時(shí)節(jié)

于是一幫有著崇高學(xué)術(shù)追求和理想主義的學(xué)者集合起來(lái)，在2019年發(fā)表了 MIQE 指南（qPCR 實(shí)驗(yàn)發(fā)布的最低限度信息的英文縮寫），該指南規(guī)定了獲得可靠結(jié)果所需的最低限度的關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)參數(shù)和注意事項(xiàng)，這是一種最佳實(shí)踐和常識(shí)性理論。這篇文章目前是《Clinical Chemistry》中被引用次數(shù)第二多的論文。

MIQE指南的全部作者，群星閃耀、熠熠生輝

彩蛋

第三行第1位，Stephen A Bustin，MIQE 指南的第一作者，MIQE 最主要的推動(dòng)者和踐行者；第三行第3位，Jo Vandesompele，著名的 qPCR 數(shù)據(jù)分析專家，提出了許多原創(chuàng)性的數(shù)據(jù)分析理論和方法；3、第三行第4位，Carl T. Wittwer，著名的猶他大學(xué)教授，前 Biofire 的聯(lián)合創(chuàng)始人（2013被生物梅里埃收購(gòu)，產(chǎn)品品牌為 FilmArray），是熒光定量 PCR 的技術(shù)先驅(qū)，率先將 SYBR Green I 和熔解曲線引入 PCR，發(fā)明了高分辨率熔解曲線分析；也是學(xué)術(shù)界大牛，他的多數(shù)學(xué)術(shù)成果，都轉(zhuǎn)化成了具體產(chǎn)品。

MIQE 的最終目標(biāo)是建立一個(gè)明確的框架，在此框架內(nèi)進(jìn)行 RT-qPCR 實(shí)驗(yàn)，并為審稿人和期刊編輯提供一個(gè)公認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)，用于評(píng)估待發(fā)表文章的質(zhì)量。因此，使用這種廣泛應(yīng)用的方法將最終產(chǎn)生更一致、更有可比性和更可靠的數(shù)據(jù)。值得注意的是，Bio-Rad 公司一直在大力提倡和遵循 MIQE 指南的原則和理論，并發(fā)展出一套符合 MIQE 指南的 RT-PCR/qPCR 全流程實(shí)驗(yàn)方法，涵蓋從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)到數(shù)據(jù)分析。

立秋時(shí)節(jié)

下面讓我們回顧一下MIQE指南發(fā)表之后對(duì)基于RT-PCR（qPCR）數(shù)據(jù)發(fā)表的SCI文章的影響。

MIQE 對(duì)數(shù)據(jù)報(bào)告透明度的影響

對(duì)使用 RT-PCR (qPCR) 的 1,700 多種出版物進(jìn)行的兩項(xiàng)調(diào)查顯示：MIQE 指南對(duì)2012-2013年使用 qPCR 發(fā)表的論文的數(shù)據(jù)報(bào)告質(zhì)量產(chǎn)生了重大影響。與2009-2011年所有分析過的 qPCR 論文相比，引用 MIQE 指南的論文在報(bào)告14個(gè)重要參數(shù)方面有了持續(xù)、顯著的提高，尤其是在 RNA 質(zhì)量、PCR 效率和數(shù)據(jù)歸一化處理方面。很顯然引用 MIQE 指南的論文顯著提高了實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的透明度。

MIQE 指南在發(fā)表的 SCI 文章中影響力

MIQE 指南是否幫助研究人員在高 IF 期刊上發(fā)表論文？

制定 MIQE 指南的初衷是幫助科學(xué)界發(fā)表更可靠、更可重復(fù)的數(shù)據(jù)。Afif M. Abdel Nour 等人在尋找 MIQE 指南對(duì)發(fā)表高質(zhì)量研究成果是否有用的過程中，比較了含有 "qPCR " 和 "MIQE- 指南 " 術(shù)語(yǔ)論文的平均加權(quán) CiteScore，下圖顯示，在過去 10 年中，"MIQE" 論文的 CiteScore 較高。因此遵循 MIQE 指南的研究人員發(fā)表高被引論文和高分 SCI 文章的機(jī)會(huì)更大。

之后他們分析了 Scopus 數(shù)據(jù)庫(kù)（Elsevier）12年來(lái)所有發(fā)表于 2009年1月至2020年5月的論文中的 "real-time PCR" 一詞，并按作者所屬單位和國(guó)家進(jìn)行了分類。來(lái)自219個(gè)國(guó)家和地區(qū)的研究人員發(fā)表了提及 "real-time PCR " 的論文。令人驚訝的是，這些發(fā)表的 qPCR 論文分布并不均衡，其中中國(guó)是"頭號(hào)玩家"，占總數(shù)的21.6%，美國(guó)占16.9%，"排名前五的西歐國(guó)家（德國(guó)、英國(guó)、法國(guó)、意大利和西班牙）合計(jì)占18.6%。

涉及“實(shí)時(shí) 熒光定量 PCR”的科學(xué)論文的全球分布概覽

來(lái)自100個(gè)不同國(guó)家并引用了 MIQE 指南的的作者中，發(fā)現(xiàn)來(lái)自中國(guó)占比10.8%，僅次于美國(guó)的13.6%，但仍要看到整個(gè)科研界引用或者符合 MIQE 指南的文獻(xiàn)仍然占比較低，許多作者仍然沒有提供足夠的技術(shù)細(xì)節(jié)，即使提供了相關(guān)信息，也往往無(wú)法支持作者得出的結(jié)論。

寫在最后

Tips：

”

有研究者發(fā)現(xiàn)這些無(wú)法再現(xiàn)的論文有一些共同的特點(diǎn)，包括關(guān)鍵試劑使用不當(dāng)、缺乏陽(yáng)性和陰性對(duì)照、統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)使用不當(dāng)以及沒有重復(fù)實(shí)驗(yàn)。如果有重復(fù)實(shí)驗(yàn)，往往會(huì)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行大量篩選，以呈現(xiàn)研究者 "喜歡 "的結(jié)果，這些都是不可再現(xiàn)論文的常見缺陷，適用于所有基礎(chǔ)生物學(xué)研究。由于缺乏對(duì) RT-PCR（qPCR）技術(shù)和實(shí)驗(yàn)過程質(zhì)量控制細(xì)節(jié)的透明報(bào)告，很大比例的出版刊物中都無(wú)法評(píng)估所報(bào)告的 qPCR 數(shù)據(jù)的質(zhì)量，而這一缺陷使得評(píng)估結(jié)果的生物學(xué)或臨床相關(guān)性變得十分困難。

但正所謂辦法總比困難多，科學(xué)界集體行動(dòng)的結(jié)果產(chǎn)生了 MIQE 指南，RT-PCR（qPCR）技術(shù)從此擁有了強(qiáng)大的理論支撐，只要遵循了該指南，科研文獻(xiàn)數(shù)據(jù)就會(huì)變得更透明，結(jié)果的可重復(fù)性和結(jié)論的可靠性就會(huì)大大提高，讓我們一起好好學(xué)習(xí)、理解 MIQE 這把“利刃”，并在具體應(yīng)用中展示如何利用 MIQE 指南進(jìn)行最佳實(shí)踐。

敬請(qǐng)關(guān)注：“重讀經(jīng)典，MIQE 指南解讀系列”，下一期，我們將剖析 MIQE 誕生背后的那些故事，下期見~

參

考

資

料

1）https://www.nature.com/articles/533452a

2）MIQE qPCR & dPCR：How to apply the MIQE guidelines - a visual, interactive and practical qPCR & dPCR guide, 5th Edition

3）http://hwmaint.clinchem.aaccjnls.org/cgi/doi/10.1373/clinchem.2016.268953

4）The MIQE Guidelines - Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments