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生信篇 | 長讀長序列比對工具介紹

來源: | 作者:/ | 發(fā)布時間: 2024-04-26 | 604 次瀏覽 | 分享到:




前言


隨著測序技術的不斷發(fā)展，尤其是近些年崛起的長讀長測序，產生了大量的長讀長序列，如何高效率地將這些reads比對到參考序列上，成了人們關注的重要問題。



簡介


本文介紹一款專門應用于單分子測序single-molecule sequencing(SMS)產生的序列比對分析工具，具有魯棒性(robust)強，靈敏度(sensitive)高等優(yōu)勢。軟件文章pathMap: a path-based mapping tool for long noisy reads with high sensitivity發(fā)表在Briefings in Bioinformatics(IF=9.5)上，可下載閱讀。pathMap獨有特征是通過最長的path來選擇最佳比對的鏈。

圖片


軟件安裝

硬件需求：

  • Intel Core i3 2100 or later for Windows

  • Color display capable of 1024 X 768 pixel resolution


內存需求：

  • 800M磁盤空間，16G運行內存。


軟件安裝：

  • 直接在GitHub上下載zip安裝包，解壓后在pathmap-main目錄下進行make編譯即可。

  • pathmap后出現幫助文檔信息，表明軟件完成安裝，可以正常使用。



軟件使用

運行命令：使用默認參數進行演示

./pathmap-main/pathmap GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna ecoli_500kb_reads.fastq > pathmap_aligned.sam

pathmap_aligned.sam即比對的sam文件，可用于后續(xù)的分析。


軟件優(yōu)勢


與其他類型的比對工具進行比較：

測序的糾錯可靠性更強：無論在低錯誤率區(qū)還是在高錯誤率區(qū)，序列的mapping都有穩(wěn)定而準確的表現；


在對病原微生物的種屬鑒定種中有更高得靈敏度；



運行速度和內存使用：pathMap運行速度較快，占用內存與Winnowmap2相當。


參考文獻


[1] Wei ZG, Zhang XD, Fan XG, Qian Y, Liu F, Wu FX. pathMap: a path-based mapping tool for long noisy reads with high sensitivity. Brief Bioinform. 2024 Jan 22;25(2):bbae107.

[2] https://github.com/zhang134/pathmap.git