在早期版本中，Nanopore儲存原始的電信號主要采用的是.fast5。作為一種HDF5文件，.fast5包含nanopore測序數(shù)據(jù)所需要的所有信息，并且現(xiàn)在仍是一種可選擇的文件存儲方式。隨著技術(shù)不斷提升，測序所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)會越來越大，為了提升文件的讀寫速度，改善計(jì)算機(jī)資源和內(nèi)存占用等問題，逐漸使用POD5文件格式取代.fast5。那么，究竟什么是pod文件？我們該如何處理pod文件？讓我們一起看看吧！

選取準(zhǔn)備好的pod5文件，即可顯示每條reads的ID，以及一一對應(yīng)的測序基本信息，如選用的測序儀器、所用的試劑盒、測序開始的時間和進(jìn)行分析的軟件版本等。

在對pod5文件進(jìn)行合并、格式轉(zhuǎn)化和提取等操作時，可以用pod5 python包進(jìn)行操作。

安裝pip install pod5：

1. pod5 view

pod5 view test.pod5 > pod5.txt

輸出一個類似sequencing summary的表，包含測序的一些基本信息。

2. pod5 inspect

用來檢查pod5文件的完整性。

pod5 inspect read

查看指定reads的信息

3. pod5 merge

pod5 merge test01.pod5 test02.pod5 --output merge.pod5

可對不同的pod5文件進(jìn)行合并，但不能出現(xiàn)重復(fù)的reads ID。

4. pod5 filter

pod5 filter test01.pod5 --output filtered_test01.pod5 --ids reads_ID.txt

提取指定reads ID的pod5文件信息。

5. pod5 subset

pod5 subset test01.pod5 --csv mapping.csv

構(gòu)建csv，tsv或table文件進(jìn)行比對，生成多個pod文件。

6. pod5 repack

pod5 repack inputs/*.pod5 repacked/

重新構(gòu)建pod5文件。

7. pod5 convert fast5

pod5 convert fast5 fast5/test01.0_0.fast5 --output converted.pod5

可將fast5文件轉(zhuǎn)換成pod5文件。

8. pod5 convert to_fast5

pod5 convert to_fast5 test01.pod5 --output fast5/

可將pod5文件轉(zhuǎn)換成fast5文件。